Prioren nach der Wiedererrichtung 1830
- Ildephons Nebauer, 1830–1836, 1788 Profess in Kloster Andechs
- Rupert Leiß, 1837–1838, 1838 Propst und 1843 erster Abt des wiedererrichteten Klosters Scheyern
- Gregor Scherr, 1838–1840; 1840 erster Abt nach der Wiedererrichtung
Äbte seit 1840
- Gregor Scherr, 1840–1856, danach Erzbischof von München und Freising
- Utto Lang, 1856–1884, erster Präses der wiedererrichteten Bayerischen Benediktinerkongregation 1858–1870; Teilnahme am Ersten Vatikanischen Konzil 1869
- Benedikt Braunmüller, 1884–1898, Präses der Bayerischen Benediktinerkongregation 1885–1891
- Leo Mergel, 1898–1905, danach Bischof von Eichstätt
- Willibald Adam, 1905–1929; nach seiner Resignation Spiritual im Benediktinerinnenkloster Frauenchiemsee († 1935)
- Corbinian Hofmeister, 1929–1966
- Augustin Mayer, 1966–1971, Präses der Bayerischen Benediktinerkongregation 1968–1971, Vorsitzender des Salzburger Äbtekonferenz 1970–1971; 1972 Kurienerzbischof, 1985 Kardinal
- Emmeram Geser, 1971–1989; nach seiner Resignation zunächst Lehrer am Gymnasium, dann Spiritual im Kloster Mallersdorf
- Wolfgang Maria Hagl, seit 1989